台湾“总统府”发言人9日转述称，马英九对此案高度重视，指示“外交部”向菲国表达严正关切，要求菲方必须立即查明真相，将凶手绳之于法。他同时指示“海巡署”派往戒护的台南舰要全力营救，确保其他船员的安全。台湾“外交部” 9日称，接到事发电话后立即通过电话要求驻菲律宾代表处赶紧与菲律宾相关部门接触查明该事件，同时约见菲律宾驻台湾副代表卡罗-基诺，当面表示“严重关切”。事发后，台湾“海巡署”派出南巡队台南舰前往戒护。同样在附近海域的“军明只21”号渔船前往拖救，预计10日返回东港。

    中国外交部发言人华春莹9日晚单独就此事表态称，中方对此表示严重关切，我们对开枪射杀台湾渔民的野蛮行径表示强烈谴责。中方要求菲方立即进行调查，并尽快作出说明。我们对遇害的台湾同胞表示深切哀悼，对家属表示慰问。国务院台办发言人杨毅9日晚也表示，要求菲方尽快彻查，给受害渔民一个交代。

    9日晚，当菲律宾外交部发言人接到《环球时报》记者电话时，表示并不知道此事。应其要求半小时后记者再次致电时，他回应说，由于没能联络上负责相关事务的军方人士，所以没法确认该事件，也没法发表评论。他10日才能了解此事的详细情况。

    蔡宝兴告诉《环球时报》记者，在黑鲔鱼季的时候，台湾渔船经常和菲律宾发生冲突，几乎每年都有，不是被扣，就是被驱赶，或者对方机枪扫射把台湾渔船打坏，有几次都打死了人，“这种事情很平常”。

    渔业算得上是台湾的一大产业，不论是养殖渔业、近海和远洋渔业都很发达，台湾渔船的远洋渔船队伍不但遍布全世界，在东南亚到东北亚的所有近海、太平洋渔区都可以看到。一名台湾媒体人士对《环球时报》记者说，台湾渔民海上遇难的例子甚多，这是因为台湾固然海上军力甚强，整体军力在东南亚也仅次于越南的陆军，但台湾因为“邦交国”甚少，国际间根本没有发言的力量与立场，以往面对周边的海洋邻居如日本、菲律宾、印度尼西亚、越南等国家时，都无法与各国的政府直接对谈，所以无法为渔民遭遇争取权益，事件经常以“为不明船只所害”收场。